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Équipe : Plasticité Cellulaire et Cancer

À LA UNE

Pour prolonger Octobre Rose, mois de sensibilisation aux cancers du sein, voici les entretiens du Pr. Adriaenssens et le Dr. Lagadec, de l’équipe « Plasticité Cellulaire et Cancer” de l’UMR Canther, diffusée sur Radio Campus Lille, le mercredi 14 octobre, exposant leurs thématiques de recherche et démontrant leurs efforts et engagements dans la recherche contre ces maladies.

Ecouter l’intervention du Pr. Adriaenssens:

Ecouter l’intervention du Dr. Lagadec:

Notre équipe unit chercheurs, enseignants-chercheurs mais aussi cliniciens aux cotés de techniciens et d’étudiants, et ce dans un seul et même but : déchiffrer les mécanismes moléculaires de la plasticité des cellules cancéreuses régissant la résistance aux thérapies des cancers du sein et des gliomes pédiatriques.

Historiquement située au sein du campus universitaire de Villeneuve d’Ascq, notre équipe se localise depuis 2015, et l’accueil d’une équipe du Centre Oscar Lambret (COL), sur les deux sites que sont la Faculté des Sciences et Technologies de l’Université de Lille et l’Institut pour la Recherche sur le Cancer de Lille (IRCL) sur le site du CHR de Lille.

Depuis sa création en 2008, notre équipe n’a ainsi cessé d’élargir son périmètre d’expertise par l’agrégation de nouvelles compétences et savoir-faire dans des champs tels que la biologie moléculaire et cellulaire, l’épigénétique et la biologie computationnelle. L’accueil de praticiens du COL et du CHR, nous a également permis d’accéder à des échantillons et cellules issus de patients pour la recherche translationnelle, mais aussi au plateau de radiothérapie du COL, élément indispensable pour la compréhension des résistances aux traitements.

Afin de décrypter les mécanismes moléculaires régissant la plasticité cellulaire et la résistance aux traitements des cancers du sein et des gliomes pédiatriques, notre projet conjugue les compétences complémentaires et reconnues des membres de l’équipe, et plus particulièrement la protéomique et l’épigénomique, l’étude de la reprogrammation des cellules souches cancéreuses, les modèles de souris transgéniques in vivo et de poisson zèbre, l’intelligence artificielle en oncogénomique et réseaux de régulation cellulaires. En collaboration avec des physiciens de l’unité LIMMS et de l’IEMN, nous avons aussi développé des microsystèmes (MEMS) pour caractériser les propriétés mécaniques des cellules individuelles, ainsi que des systèmes microfluidiques pour l’étude de la plasticité et des capacités de dissémination des cellules. En plus des interactions locales avec différentes équipes à Lille, l’équipe a développé des collaborations nationales, européennes et internationales.

À travers cette recherche fondamentale et translationnelle, notre objectif final est de découvrir de nouveaux marqueurs et/ou cibles thérapeutiques, et de proposer des stratégies thérapeutiques innovantes pour les traitements des cancers du sein et des gliomes de l’enfant.

> CHERCHEURS
> INGÉNIEURS / TECHNICIENS
> ÉTUDIANTS

CHERCHEURS

Pr Xuefen LE BOURHIS, Université de Lille
Recherche : Mécanismes de la résistance aux thérapies et de la métastase des cancers du sein.
Mots-clés : Cancer du sein, plasticité cellulaire, résistance tumorale, métastase, microenvironnement, signalisation, épigénétique.

xuefen.le-bourhis(@)univ-lille.fr

Pr Eric ADRIAENSSENS, Université de Lille
Recherche :
Étude du rôle et des mécanismes d’action du long ARN non codant  H19 dans le cancer du sein.
Mots-clés : H19, LncRNA, Cancer du sein, microRNA, instabilité génique, métastase.

eric.adriaenssens(@)univ-lille.fr

Pr Pierre-Olivier ANGRAND, Université de Lille
Recherche : Epigénétique et modèle poisson zèbre en cancérologie.
Mots-clés : Poisson zèbre, Epigénétique, Histones, Répression Polycomb, Edition du génome, Transgénèse, Xénotransplantation.

pierre-olivier.angrand(@)univ-lille.fr

Dr Roland BOURETTE, Chercheur CRCN CNRS
Recherche : Étude des cellules souches cancéreuses mammaires.
Mots-clés : cellules souches, souris transgéniques, développement, signalisation, s-SHIP.

roland.bourette(@)ibl.cnrs.fr

Dr Valérie CHOPIN, Maître de Conférences, Université Picardie Jules Verne
Recherche :
Mécanismes de la résistance aux thérapies.
Mots-clés : Cancer du sein, résistance tumorale, signalisation.

valerie.chopin(@)univ-lille.fr

Dr Wajdi DHIFLI, Maître de Conférences, Université de Lille
Recherche : Inférence, Interrogation et Ingénierie des réseaux de régulation.
Mots-clés : Biologie des systèmes, bio-informatique, apprentissage automatique et intelligence artificielle.

wajdi.dhifli(@)univ-lille.fr

Pr Mohamed ELATI, Universités de Lille
Recherche : Inférence, Interrogation et Ingénierie des réseaux de régulation.
Mots-clés : Biologie des systèmes, bio-informatique, apprentissage automatique et intelligence artificielle.

mohamed.elati(@)univ-lille.fr

Dr Alessandro FURLAN, Chercheur Postdoctoral Centre Oscar Lambret
Recherche : Développement d’un modèle d’étude en 3D de DIPG sur puce microfluidique.
Mots-clés : DIPG, gliome pédiatrie, tumor-on-a-chip, BHE, microscopie.

alessandro.furlan(@)univ-lille.fr

Dr Dimitra GKIKA, Maître de Conférences, Université de Lille

Recherche : Rôle des canaux ioniques dans la carcinogenèse et la vascularisation tumorale

Mot clés : canaux TRP, signalisation calcique, récepteurs aux stéroïdes, GTPases, migration cellulaire, invasion, angiogenèse, endothelium

dimitra.gkika(@)univ-lille.fr

Pr Robert-Alain TOILLON, Université de Lille
Recherche : Étude des Complexes de récepteurs induits par TrkA dans les résistances aux thérapies et les métastases des cancers du sein.
Mots-clés : Neurotrophine, TrkA, tyrosine kinase, résistance aux drogues, signalisation, sein, métastase.Web of Science Researcher ID: Q-2286-2018
GdR APPICOM. « Approches intégratives pour l’étude des protéines membranaires ».

robert-alain.toillon(@)univ-lille.fr

Dr Chann LAGADEC, Chercheur CRCN Inserm
Recherche : Mécanismes moléculaires de la reprogrammation et son implication dans la progression de la maladie.
Mots-clés : CSC, plasticité cellulaire, reprogrammation, résistance tumorale, dormance tumoral, développement métastatique.

chann.lagadec(@)inserm.fr

Dr Samuel MEIGNAN, Chercheur Centre Oscar Lambret
Recherche : Étude des mécanismes de chimio et radiorésistance des gliomes pédiatriques diffus localisés au tronc cérébrale.
Mots-clés : DIPG, gliome pédiatrique, résistance au traitement, épigénétique, drug repositionning.

s-meignan(@)o-lambret.fr

Dr Juliette BEAUJOT, Anatomo-pathologiste, Centre Oscar Lambret, MD

j-beaujot(@)o-lambret.fr

Pr Dominique CHEVALIER, chirurgien ORL, PU PH, CHU de Lille

dominique.chevalier(@)chru-lille.fr

Dr Isabelle FERRY, Oncologue Pédiatre, Centre Oscar Lambret, MD

i-ferry(@)o-lambret.fr

Dr Karine HANNEBICQUE, chirurgien sénologue, Centre Oscar Lambret, MD

k-hannebicque(@)o-lambret.fr

Dr François MOUAWAD, chirurgien ORL, CHU de Lille, MD-PhD

francois.mouawad(@)chru-lille.fr

Dr Bénédicte RYSMAN, chirurgien ORL, CHU de Lille, MD

benedicte.rysman(@)chru-lille.fr

INGÉNIEURS / TECHNICIENS

Mélanie ARCICASA, Technicienne de Recherche Centre Oscar Lambret

m-arcicasa(@)o-lambret.fr

Aurélien DISPOT, Ingénieur d’étude Université de Lille

aurelien.dispot(@)gmail.com

Christine BAL, Technicienne de Recherche Centre Oscar Lambret

c-bal(@)o-lambret.fr

Isabelle LEFEBVRE, Technicienne de l’Université de Lille

isabelle.lefebvre(@)univ-lille.fr

Nicole LEMAHIEU, Technicienne de Recherche Centre Oscar Lambret

n.wattez(@)o-lambret.fr

Julia PUIG, Ingénieure d’étude Université de Lille

julia.puig(@)univ-lille.fr

Pamela VÖLKEL, Ingénieure d’étude CNRS

pamela.voelkel(@)univ-lille.fr

ÉTUDIANTS

Quentin BAILLEUL (D3, Doctorant)
Étude de l’impact de la mutation H3.3K27M dans la résistance aux traitements des gliomes de haut grade pédiatriques.

quentin.bailleul(@)inserm.fr

Clément LECERF (D3, Doctorant)
Rôle de l’ARN non codant H19 dans l’instabilité génétique.

clement.lecerf(@)univ-lille.fr

Pauline TRÉBULLE (D3, Doctorante INRA Jouy-en-Josas)
Modélisation multi-échelles de réseaux biologiques pour l’ingénierie métabolique d’un châssis biotechnologique.

pauline.trebulle(@)gmail.com

Marie DENOULET (D2, Doctorante)
Mécanismes épigénétique régulant la reprogrammation des non-CSC en CSC dans le cancer du sein.

marie.denoulet.etu(@)univ-lille.fr

Sarah TROUVILLIEZ (D2, Doctorante)
Analyse des complexes protéique associés à la réponse au NGF dans les cancers du sein.

s.trouvilliez(@)gmail.com

Marie WINTER (D2, Doctorante)
Cancer du sein triple négatif : Étude des mécanismes d’échappement et de récurrence liés aux chimiothérapies.

marie.winter(@)inserm.fr

Meng XIANGYU (D2, Doctorante Institut Curie)
Vers la médecine personnalisée pour les cancers de la vessie de sous-type basal, utilisation des réseaux impliqués.

mengxy_whu(@)163.com

Mathilde BRULÉ (D1, Doctorante)
Rôle de l’équilibre redox dans la reprogrammation de cellules cancéreuses non-souches en cellules souches cancéreuses après irradiations ionisantes.

mathilde.brule.etu(@)univ-lille.fr

Evodie PEPERSTRAETE (D1, Doctorante)
Contribution relative de l’ARN non codant H19 et du miR-675 dans la tumorigenèse mammaire.

evodie.peperstraete.etu(@)univ-lille.fr

Ludivine RABY (D1, Doctorante)
Répression Polycomb et modèle poisson zèbre en cancérologie.

ludivine.raby.etu(@)univ-lille.fr

Notre projet repose sur deux modèles d’études, le cancer du sein et les tumeurs cérébrales pédiatriques.

Plasticité des cellules cancéreuses de sein et métastases

L’une des approches développées dans l’équipe est l’étude des mécanismes moléculaires impliqués dans la reprogrammation et pouvant être cibler afin de la prévenir et améliorer l’efficacité des traitements. Nous avons ainsi pu mettre en évidence le rôle des cytokines pro-inflammatoires, relarguées après radiothérapie, dans la reprogrammation des cellules cancéreuses mammaires en cellules souches cancéreuses (CSC). Ainsi, leur neutralisation réduit l’enrichissement post-traitement en CSC et prolonge la durée de vie dans un modèle murin. En parallèle, nous avons démontré que l’expression des cytokines et leur récepteur pouvait être utilisé comme marqueurs prédictifs d’une réponse à la radiothérapie dans une cohorte de prêt de 10 000 patientes.

Nous nous s’intéressons actuellement aux mécanismes épigénétiques impliqués dans la ré-expression de protéines de « stemness » mais aussi à l’implication de cette reprogrammation phénotypique dans la dormance tumorale et le développement métastatique, en collaboration avec des équipes de physiciens de l’IEMN et du LIMMS. Dans le cadre de ces recherches, sont également développés de nouveaux outils moléculaires, cellulaires et modèles animaux afin de suivre et caractériser les CSC et le processus de reprogrammation. Ainsi, nous avons établis des lignées cellulaires de cancer du sein triple négatif persistantes à la chimiothérapie dans le but de mieux comprendre la contribution des cellules cancéreuses persistantes lors de la dormance tumorale et du développement métastatique Par ailleurs, nous avons combiné des souris transgéniques C3(1)Tag, résumant la tumorigenèse mammaire, et des souris transgéniques exprimant le marqueur de CSC s-SHIP fusionné avec la GFP, et ce afin d’isoler et de caractériser les cellules souches lors de la tumorigenèse mammaire et de disséquer les mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation des cellules souches, la plasticité du phénotype cellulaire et la résistance des tumeurs aux traitements.

Conjointement à ces aspects, notre équipe a été pionnier dans la démonstration du rôle du NGF (Nerve Growth Factor) et de son précurseur, le proNGF, dans le cancer du sein. Notre expertise reconnue dans le domaine des récepteurs membranaires et leurs voies de signalisation en aval nous a permis de démontrer récemment que le NGF induit la formation de complexes de récepteurs TrkA/CD44, tandis que le proNGF induit la formation de complexes TrkA/EphA2. Ainsi une inhibition concomitante de TrkA et d’EphA2 s’est révélée capable de diminuer la métastase cérébrale. Notre but est donc d’étudier les mécanismes mis en place lors de la formation métastatique afin de les cibler pour réduire/prévenir la métastase.

Notre équipe a été le premier dans l’étude du rôle et des mécanismes d’action du long ARN non codant H19, et du miR-675 qu’il génère, dans le cancer du sein. Nous nous intéressons à différents mécanismes d’action des lncRNA tels que l’effet « éponge de miRNA », l’effet « scaffold » de complexe protéique et le ciblage de complexe modifiant la chromatine sur l’ADN. De plus, nous étudions le rôle du H19 et de son miR dans les différents phénotypes associés à l’émergence et au développement du cancer du sein, à savoir la prolifération, la survie, la migration et l’invasion cellulaire, l’EMT et la survenue de métastase. Ces études sont réalisées dans des lignées cellulaires de cancer du sein mais aussi dans le modèle murin de tumorigenèse C3(1)Tag.

 

L’épigénétique et la Résistance aux traitements des gliomes pédiatriques

Cette question de la résistance aux traitements et des mécanismes qui s’y rapportent est également un enjeu majeur dans la prise en charge des gliomes pédiatriques diffus localisés au tronc cérébral. Or le profil très particulier et le pronostic sans appel de ces tumeurs imposent une recherche qui leur est propre. Dans ce contexte, et s’appuyant sur les mêmes outils et savoir-faire, nous menons des travaux spécifiquement sur la question de la résistance aux traitements des DIPG (Diffuse Intrinsic Pontine Glioma), et ce à travers 3 approches in vitro complémentaires : L’étude de l’impact de la mutation H3.3K27M sur la résistance aux traitements, le screening de composés sans a priori / repositionnement de drogues, et le développement d’un modèle microfluidique de type « DIPG sur puce ».

En parallèle de ces approches in vitro, cette thématique fait l’objet de développements de modèles poissons zèbre transgéniques inédits. Le poisson zèbre est un modèle vertébré de plus en plus utilisé en recherche biomédicale en raison de la facilité et des faibles coûts de son élevage, des larges possibilités de manipulation de son génome et de la relative transparence de son embryon qui permet une imagerie à la résolution cellulaire. En utilisant les techniques d’édition du génome et de transgénèse, l’équipe génère des lignées de poissons zèbres porteurs d’altérations génétiques et épigénétiques trouvées dans des cancers humains. Ces modèles nous permettent ainsi de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans la tumorigenèse, notamment des gliomes pédiratriques, et servent à étudier l’efficacité de différentes approches thérapeutiques. La xénotransplantation de cellules tumorales humaines dans les embryons de poissons zèbres de deux jours nous permet également d’analyser la formation de la tumeur, son évolution et d’évaluer l’effet de molécules anticancéreuses in vivo.

 

Inférence, Interrogation et Ingénierie des réseaux de régulation

Outre ces différentes approches de biologie expérimentale, l’équipe comprend un groupe de bio informatique dont les travaux portent sur l’étude des réseaux de régulation (voies de signalisation, de régulation transcriptionnelle et métabolique), une approche devenue d’un intérêt majeur pour la compréhension et la prise en charge des cancers. Le but ici est de rationaliser l’étude des réseaux de régulation à travers d’un cycle prédictif, nommé « I3-BioNet », composé de trois modules : l’inférence, interrogation et ingénierie génomique et métabolique des réseaux de régulation. L’équipe développe ainsi des projets multidisciplinaires appliqués à l’analyse intégrative des réseaux de régulation (voies de signalisation, voies de régulation transcriptionnelle) contrôlant la différenciation, hétérogénéité de la maladie, plasticité et la reprogrammation cellulaire. Notre projet bénéficie des financements extérieurs de l’union européenne et des fondations nationales de la recherche, et les outils et modèles développés sont systématiquement mis à la disposition de la communauté scientifique.

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> REVUES GÉNÉRALES
> ARTICLES CLINIQUES
> ARTICLES ORIGINAUX ET REVUES GÉNÉRALES ISSUS DES COLLABORATIONS

Publications 2020-2015

ARTICLES ORIGINAUX DU LABORATOIRE

2020

El Ati, Z., Machfar, H., Boussafa, H., Ati, N., Sioud, O. B. O., Zantour, B., … & Elati, M. (2020). Metabolic syndrome, malnutrition, and its associations with cardiovascular and all-cause mortality in hemodialysis patients: Follow-up for three years. Saudi Journal of Kidney Diseases and Transplantation, 31(1), 129.

Dhifli, W., Karabadji, N. E. I., & Elati, M. (2020). Evolutionary mining of skyline clusters of attributed graph data. Information Sciences, 509, 501-514.

Rogez B, Pascal Q, Bobillier A, Machuron F, Toillon RA, Tierny D, Chopin V, Le Bourhis X. Expression and Prognostic Significance of Neurotrophins and Their Receptors in Canine Mammary Tumors. Vet Pathol. 2020 Jul;57(4):507-519. doi: 10.1177/0300985820921813. Epub 2020 Apr 30. PMID: 32351171

Peperstraete E, Lecerf C, Collette J, Vennin C, Raby L, Völkel P, Angrand PO, Winter M, Bertucci F, Finetti P, Lagadec C, Meignan S, Bourette RP, Le Bourhis X , Adriaenssens E. Enhancement ofBreast Cancer Cell Aggressiveness by lncRNA H19 and its Mir-675 Derivative: Insight into Shared and Different Actions. Cancers (Basel). 2020 Jun 29;12(7):1730. doi: 10.3390/cancers12071730.PMID: 32610610

Raby L, Völkel P, Le Bourhis X, Angrand PO. The Polycomb Orthologues in Teleost Fishes and Their Expression in the Zebrafish Model. Genes (Basel). 2020 Mar 27;11(4):362. doi: 10.3390/genes11040362.

2019

Bidan N, Bailleul-Dubois J, Duval J, Winter M, Denoulet M, Hannebicque K, El-Sayed IY, Ginestier C, Forissier V, Charafe-Jauffret E, Macario M, Matsunaga YT, Meignan S, Anquez F, Julien S, Bonnefond A, Derhourhi M, Le Bourhis X, Lagadec C. Transcriptomic Analysis of Breast Cancer Stem Cells and Development of a pALDH1A1:mNeptune Reporter System for Live Tracking. Proteomics. 2019 Nov;19(21-22):e1800454. doi: 10.1002/pmic.201800454.

Tian L, Truong MJ, Lagadec C, Adriaenssens E, Bouchaert E, Bauderlique-Le Roy H, Figeac M, Le Bourhis X, Bourette RP. s-SHIP Promoter Expression Identifies Mouse Mammary Cancer Stem Cells. Stem Cell Reports. 2019 Jul 9;13(1):10-20. doi: 10.1016/j.stemcr.2019.05.013.

Völkel P, Bary A, Raby L, Chapart A, Dupret B, Le Bourhis X, Angrand PO. Ezh1 arises from Ezh2 gene duplication but its function is not required for zebrafish development. Sci Rep. 2019 Mar 13;9(1):4319. doi: 10.1038/s41598-019-40738-9.

Lévêque R, Corbet C, Aubert L, Guilbert M, Lagadec C, Adriaenssens E, Duval J, Finetti P, Birnbaum D, Magné N, Chopin V, Bertucci F, Le Bourhis X, Toillon RA. ProNGF increases breast tumor aggressiveness through functional association of TrkA with EphA2. Cancer Lett. 2019 May 1;449:196-206. doi: 10.1016/j.canlet.2019.02.019.

Dhifli, J. Puig, M. Elati. Latent network-based representations for large-scale gene expression data analysis. BMC Bioinformatics, 2019 Feb 4;19(Suppl 13):466. doi: 10.1186/s12859-018-2481-y.

2018

Takayama Y, Perret G, Kumemura M, Ataka M, Meignan S, Karsten SL, Fujita H, Collard D, Lagadec C and Tarhan MC. Developing a MEMS Device with Built-in Microfluidics for Biophysical Single Cell Characterization. Micromachines, In press.

Dupret B, Völkel P, Follet P, Le Bourhis X, Angrand PO. Combining genotypic and phenotypic analyses on single mutant zebrafish larvae. MethodsX. 2018, 5: 244-256.

Tian L, Zhao Y, Truong MJ, Lagadec, C Bourette RP. Synuclein gamma expression enhances radiation resistance of breast cancer cells. Oncotarget. 2018, 9:27435-47.

Rogez B, Pascal Q, Bobillier A, Machuron F, Lagadec C, Tierny D, Le Bourhis X, Chopin V. CD44 and CD24 Expression and Prognostic Significance in Canine Mammary Tumors. Vet Pathol. 2019 May;56(3):377-388. doi: 10.1177/0300985818813653.

Dupret B, Völkel P, Vennin C, Toillon RA, Le Bourhis X, Angrand PO. The histone lysine methyltransferase Ezh2 is required for maintenance of the intestine integrity and for caudal fin regeneration in zebrafish. Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech. 2017 Oct;1860(10):1079-1093. doi: 10.1016/j.bbagrm.2017.08.011.

Lopez-Rincon, A. Tonda, M. Elati, O. Schwander, B. Piwowarski, P. Gallinari Evolutionary Optimization of Convolutional Neural Networks for Cancer miRNA Biomarkers Classification. Applied Soft Computing : vol. 65, pp. 91-100, ( Elsevier), 2018.

E.I. Karabadji, S. Beldjoudi, H. Seridi, S. Aridhi, W. Dhifli. Improving Memory Based User Collaborative Filtering with Evolutionary Multi-Objective Optimization. Expert Systems With Applications 98: 153–165, 2018.

Singh V, Ostaszewski M, Kalliolias GD, Chiocchia G, Olaso R, Petit-Teixeira E, Helikar T, Niarakis A*, Computational systems biology approach for the study of Rheumatoid Arthritis: from a molecular map to a dynamical model, Genomics and Computational Biology, 2018, 4 (1): e10050.

Luo XW, Du XQ, Li JL, Liu XP, Meng XY*. Treatment options for refractory/relapsed multiple myeloma: an updated evidence synthesis by network meta-analysis. Cancer Management and Research, 2018, 10: 2817-2823.

2017

Dupret B, Völkel P, Vennin C, Toillon RA, Le Bourhis X, Angrand PO. The histone lysine methyltransferase Ezh2 is required for maintenance of the intestine integrity and for caudal fin regeneration in zebrafish. Biochim Biophys Acta. 2017,1860: 1079-1093. IF: 5,3

Vennin C, Spruyt N, Robin YM, Chassat T, Le Bourhis X, Adriaenssens E. The long non-coding RNA 91H increases aggressive phenotype of breast cancer cells and up-regulates H19/IGF2 expression through epigenetic modifications. Cancer Lett. 2017, 385: 198-206.

Trébulle, J-M Nicaud, Ch. Leplat, M. Elati*, Inference and interrogation of a coregulatory network in the context of lipid accumulation in Yarrowia lipolytica. Nature npj Systems Biology and Applications (2017): Aug 11;3:21. eCollection 2017.

Trejo Banos, P. Tebulle, M. Elati* Integrating transcriptional activity in genome-scale models of metabolism, BMC Systems Biology (2017): 11(Suppl 7):134.

Dhifli, S. Aridhi, E. M. Nguifo. MR-SimLab: Scalable Subgraph Selection with Label Similarity for Big Data. Information Systems (Elsevier) 69: 155–163, 2017.

Dhifli, N. O. Da Costa, M. Elati* An Evolutionary Schema for Mining Skyline Clusters of Attributed Graph Data, IEEE Congress on Evolutionary Computation (2017): pp. 2102-2109

K. Saha, A. Katebi, W. Dhifli, M. Al Hassan. Discovery of Functional Motifs from the Interface Region of Oligomeric Proteins using Frequent Subgraph Mining. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2019 Sep-Oct;16(5):1537-1549. doi: 10.1109/TCBB.2017.2756879.

2016

Dupret B, Völkel P, Le Bourhis X, Angrand PO. The Polycomb Group protein Pcgf1 is dispensable in zebrafish but involved in early growth and aging. PLoS ONE 2016; 11: e0158700.

Brocqueville G, Chmelar RS, Bauderlique-Le Roy H, Deruy E, Tian L, Vessella RL, Greenberg NM, Rohrschneider LR, Bourette RP. s-SHIP expression identifies a subset of murine basal prostate cells as neonatal stem cells. Oncotarget. 2016, 7, 29228-44.

Bouyioukos, F. Bucchini, M. Elati, F. Képès. GREAT: a web portal for Genome Regulatory Architecture Tools. Nucleic Acids Research, gkw384, 2016.

Bouyioukos, M. Elati. Analysis tools for the interplay between genome layout and regulation. BMC Bioinformatics, 17 (5), 407, 2016.

Dhifli, A. B. Diallo. ProtNN: Fast and Accurate Protein 3D-Structure Classification in Structural and Topological Space. BMC BioData Mining 9 (1): 1-17, 2016.

Njah, S. Jamoussi, W. Mahdi and M. Elati. A Bayesian approach to construct context-specific gene ontology. Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), IEEE, pp1-6, 2016.

2015

Tomellini E, Touil Y, Lagadec C, Julien S, Ostyn P, Ziental-Gelus N, Meignan S, Lengrand J, Adriaenssens E, Polakowska R, Le Bourhis X. Nerve growth factor and proNGF simultaneously promote symmetric self-renewal, quiescence, and epithelial to mesenchymal transition to enlarge the breast cancer stem cell compartment. Stem Cells. 2015, 33, 342-53.

Bauderlique-Le Roy H, Vennin C, Brocqueville G, Spruyt N, Adriaenssens E, Bourette RP. Enrichment of Human Stem-Like Prostate Cells with s-SHIP Promoter Activity Uncovers a Role in Stemness for the Long Noncoding RNA H19. Stem Cells Dev. 2015, 24: 1252-62.

Aubert L, Guilbert M, Corbet C, Génot E, Adriaenssens E, Chassat T, Bertucci F, Daubon T, Magné N, Le Bourhis X, Toillon RA. NGF-induced TrkA/CD44 association is involved in tumor aggressiveness and resistance to lestaurtinib. 2015, 6: 9807-19.

Vennin C, Spruyt N, Dahmani F, Julien S, Bertucci F, Finetti P, Chassat T, Bourette RP, Le Bourhis X, Adriaenssens E. H19 non coding RNA-derived miR-675 enhances tumorigenesis and metastasis of breast cancer cells by downregulating c-Cbl and Cbl-b. Oncotarget. 2015, 6: 29209-23.

Nicolle, F. Radvanyi, and M. Elati, CoRegNet: reconstruction and integrated analysis of co-regulatory networks, Bioinformatics, btv305, 2015.

REVUES GÉNÉRALES

2020

Raby L, Völkel P, Le Bourhis X, Angrand PO. Genetic Engineering of Zebrafish in Cancer Research. Cancers (Basel). 2020 Aug 4;12(8):2168. DOI: 10.3390/cancers12082168.

2019

Raby L, Völkel P, Le Bourhis X, Angrand PO. [Cancer cell transplantation in zebrafish: From translational research to personalized medicine]. Bull Cancer. 2019 Aug 26. pii: S0007-4551(19)30269-3.

Lecerf C, Le Bourhis X, Adriaenssens E. The long non-coding RNA H19: an active player with multiple facets to sustain the hallmarks of cancer. Cell Mol Life Sci. 2019 Dec;76(23):4673-4687. doi: 10.1007/s00018-019-03240-z.

2018

Vennin C, Adriaenssens E. Long non-coding RNA and messenger RNA-the meeting of two worlds. J Thorac Dis. 2018, 10: 544-546.

Völkel P, Dupret B, Le Bourhis X, Angrand PO. Le modèle poisson zèbre dans la lutte contre le cancer. Med Sci. 2018, 34: 345-53.

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Dupret B, Völkel P, Follet P, Le Bourhis X, Angrand PO. Combining genotypic and phenotypic analyses on single mutant zebrafish larvae. MethodsX. 2018 Mar 14;5:244-256. doi: 10.1016/j.mex.2018.03.002.

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ARTICLES CLINIQUES

2015

Hochart A, Escande F, Rocourt N, Grill J, Koubi-Pick V, Beaujot J, Meignan S, Vinchon M, Maurage CA, Leblond P. Long survival in a child with a mutated K27M-H3.3 pilocytic astrocytoma. Ann Clin Transl Neurol. 2015, 2:439-43.

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ARTICLES ORIGINAUX ET REVUES GÉNÉRALES ISSUS DES COLLABORATIONS

2020

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Champion, M., Chiquet, J., Neuvial, P., Elati, M., Radvanyi, F., & Birmelé, E. (2020). Identification of Deregulated Transcription Factors Involved in Specific Bladder Cancer Subtypes. Journal of Bioinformatics and Computational Biology.

Zerrouk, N., Miagoux, Q., Dispot, A., Elati, M., & Niarakis, A. (2020). Identification of putative master regulators in rheumatoid arthritis synovial fibroblasts using gene expression data and network inference. Scientific reports, 10(1), 1-13.

Deligne C, Hachani J, Duban-Deweer S, Meignan S, Leblond P, Carcaboso AM, Sano Y, Shimizu F, Kanda T, Gosselet F, Dehouck MP, Mysiorek C. Development of a human in vitro blood-brain tumor barrier model of diffuse intrinsic pontine glioma to better understand the chemoresistance. Fluids Barriers CNS. 2020 Jun 2;17(1):37. doi: 10.1186/s12987-020-00198-0. PMID: 32487241

Trzaska C, Amand S, Bailly C, Leroy C, Marchand V, Duvernois-Berthet E, Saliou JM, Benhabiles H, Werkmeister E, Chassat T, Guilbert R, Hannebique D, Mouray A, Copin MC, Moreau PA, Adriaenssens E, Kulozik A, Westhof E, Tulasne D, Motorin Y, Rebuffat S, Lejeune F. 2,6-Diaminopurine as a highly potent corrector of UGA nonsense mutations. Nat Commun. 2020 Mar 20;11(1):1509. doi: 10.1038/s41467-020-15140-z.PMID: 32198346.

2019

Tonolo F, Salmain M, Scalcon V, Top S, Pigeon P, Folda A, Caron B, McGlinchey MJ, Toillon RA, Bindoli A, Jaouen G, Vessières A, Rigobello MP. Small Structural Differences between Two Ferrocenyl Diphenols Determine Large Discrepancies of Reactivity and Biological Effects. ChemMedChem. 2019 Oct 4;14(19):1717-1726. doi: 10.1002/cmdc.201900430.

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Grolez GP, Hammadi M, Barras A, Gordienko D, Slomianny C, Völkel P, Angrand PO, Pinault M, Guimaraes C, Potier-Cartereau M, Prevarskaya N, Boukherroub R, Gkika D. Encapsulation of a TRPM8 Agonist, WS12, in Lipid Nanocapsules Potentiates PC3 Prostate Cancer Cell Migration Inhibition through Channel Activation. Sci Rep. 2019 May 28;9(1):7926. doi: 10.1038/s41598-019-44452-4.

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Park, Y. K., Korpys, P., Kubiak, M., Celinska, E., Soudier, P., Trébulle, P., … & Nicaud, J. M. (2018). Engineering the architecture of erythritol-inducible promoters for regulated and enhanced gene expression in Yarrowia lipolytica. FEMS yeast research.

2017

Kondratskyi A, Kondratska K, Vanden Abeele F, Gordienko D, Dubois C, Toillon RA, Slomianny C, Lemière S, Delcourt P, Dewailly E, Skryma R, Biot C, Prevarskaya N. Ferroquine, the next generation antimalarial drug, has antitumor activity. Sci Rep. 2017, 7:15896. IF: 4.3 ; citation=1

Benhabiles H, Gonzalez-Hilarion S, Amand S, Bailly C, Prévotat A, Reix P, Hubert D, Adriaenssens E, Rebuffat S, Tulasne D, Lejeune F. Optimized approach for the identification of highly efficient correctors of nonsense mutations in human diseases. PLoS ONE. 2017, 12: e0187930.

2016

Steenackers A, Olivier-Van Stichelen S, Baldini SF, Dehennaut V, Toillon RA, Le Bourhis X, El Yazidi-Belkoura I, Lefebvre T. Silencing the Nucleocytoplasmic O-GlcNAc Transferase Reduces Proliferation, Adhesion, and Migration of Cancer and Fetal Human Colon Cell Lines. Front Endocrinol (Lausanne). 2016, 7:46.

Thibault B, Clement E, Zorza G, Meignan S, Delord JP, Couderc B, Bailly C, Narducci F, Vandenberghe I, Kruczynski A, Guilbaud N, Ferré P, Annereau JP. F14512, a polyamine-vectorized inhibitor of topoisomerase II, exhibits a marked anti-tumor activity in ovarian cancer. Cancer Lett. 2016, 1;370:10-8.

Wambang N, Schifano-Faux N, Aillerie A, Baldeyrou B, Jacquet C, Bal-Mahieu C, Bousquet T, Pellegrini S, Ndifon PT, Meignan S, Goossens JF, Lansiaux A, Pélinski L. Synthesis and biological activity of ferrocenyl indeno[1,2-c]isoquinolines as topoisomerase II inhibitors. Bioorg Med Chem. 2016, 15 :651-60.

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2015

Simonneau C, Leclercq B, Mougel A, Adriaenssens E, Paquet C, Raibaut L, Ollivier N, Drobecq H, Marcoux J, Cianferani S, Tulasne D, de Jonge H, Melnyk O, Vicogne J. Semi-synthesis of a HGF/SF kringle one (K1) domain scaffold generates a potent in vivo MET receptor agonist. Chem Sci. 2015, 6: 2110-21.

Rahier NJ, Molinier N, Long C, Deshmukh SK, Kate AS, Ranadive P, Verekar SA, Jiotode M, Lavhale RR, Tokdar P, Balakrishnan A, Meignan S, Robichon C, Gomes B, Aussagues Y, Samson A, Sautel F, Bailly C. Anticancer activity of koningic acid and semisynthetic derivatives. Bioorg Med Chem. 2015, 23:3712-21.

Picchetti, J. Chiquet, M. Elati, P. Neuvial, R. Nicolle, E. Birmelé. A model for gene deregulation detection using expression data, BMC Syst Biol. 2015;9 Suppl 6:S6. doi: 10.1186/1752-0509-9-S6-S6.

Talleh, G. Nuel, E. Bischoff, A. Aubouy, M. Elati, et al. Gene transcriptomic pattern of Plasmodium falciparum in children with cerebral malaria and asymptomatic carriers, PlosOne, 9: e114401, 2015

Thèses en cours

  • Quentin Bailleul (D3 en 2020 – Dir. Thèse : Samuel Meignan)
  • Clément Lecerf (D3 en 2020 – Dir. Thèse : Eric Adriaenssens)
  • Marie Denoulet (D3 en 2020 – Dir. Thèse : Chann Lagadec) 
  • Sarah Trouvilliez (D3 en 2020 – Dir. Thèse : Robert-Alain Toillon) 
  • Marie Winter (D3 en 2020 – Dir. Thèse : Xuefen Le Bourhis) 
  • Meng Xiangyu (D3 en 2020 – Dir. Thèse : Mohamed Elati) 
  • Mathilde Brulé (D2 en 2020 – Dir. Thèse : Chann Lagadec)
  • Evodie Peperstraete (D2 en 2020 – Dir. Thèse : Eric Adriaenssens)
  • Ludivine Raby (D2 en 2020 – Dir. Thèse : Pierre-Olivier Angrand)
  • Andria Rakotomalala (D1 en 2020 – Dir. Thèse : Samuel Meignan)
  • Julien Cicero (D1 en 2020 – Dir. Thèse : Robert-Alain Toillon)
  • Amina NAIT ELDJOUDI (D1 en 2020-Dir. Thèse : Xuefen Le Bourhis)
 
Thèses soutenues

2020

  • BAILLEUL Quentin, «Etude de l’impact de la mutation H3.3K27M sur le phénotype agressif et résistant de lignées cellulaires de gliome pédiatrique », Directeur : Samuel Meignan
  • LECERF Clément, « Instabilité génomique et mécanismes moléculaires régulés par le long ARN non codant H19 dans les cancers du sein. », Directeur : Eric Adriaenssens

2019

  • COLETTE Jordan, « Étude des mécanismes impliqués dans la régulation de la tumorigenèse mammaire par le long ARN non codant H19 », Directeur : Eric Adriaenssens
  • LEVEQUE Romain, « Plasticité des réseaux de récepteurs membranaires dans la signalisation du NGF et de son précurseur dans les cancers du sein », Directeurs : Robert-Alain Toillon/Dominique Chevalier
  • BIDAN Nadège, « Développement d’un système rapporteur de la plasticité des cellules cancéreuses du sein », Directeur : Chann Lagadec
  • TREBULLE Pauline, « Modélisation multi-échelles de réseaux biologiques pour l’ingénierie métabolique d’un châssis biotechnologique », Directeurs :  Mohamed Elati/Jean-Marc Nicaud

2018

  • BAILLEUL Justine, « Étude des mécanismes impliqués dans la reprogrammation de cellules cancéreuses non-souches en cellules souches cancéreuses induite par les radiations ionisantes dans le cancer du sein », Directeurs : Chann Lagadec/Xuefen Le Bourhis
  • ROGER Bernadette, « Effets des neurotrophines dans l’enrichissement des cellules souches de cancer du sein et étude translationnelle dans le modèle canin », Directrice : Xuefen Le Bourhis
  • TIAN Lu, « Isolement et caractérisation de cellules souches cancéreuses dans un modèle murin de tumorigénèse mammaire », Directeur : Roland Bourette

2017

  • DUPRET Barbara, « Étude du rôle des protéines Polycomb Pcgf1 et Ezh2 chez le poisson zèbre Danio rerio », Directeur : Pierre-Olivier Angrand

2016

  • VENNIN Constance, « Contribution et rôles dans la tumorigenèse des ARN non codants transcrits au locus H19/IGF2 : H19 et 91H », Directeur : Eric Adriaenssens

2015

  • GUILBERT Matthieu, « Impact de la transactivation des récepteurs membranaires par le (pro)NGF dans les cancers », Directeur : Robert-Alain Toillon
  • NICOLLE Remy, « Regulatory networks driving bladder cancer », Directeurs : Mohamed Elati/François Radvanyi